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魏爷爷说：“那地下基地很复杂，没去过的人，根本就找不到哪是哪”
“你当初跟我爷爷不是在乌鲁木齐工作，而是在若羌沙漠里？”郝运问道。
魏爷爷若有所思：“我和你爷爷郝教授在那个基地呆了整整五年半，对那个地方太熟悉了”
郝运问：“那个地下基地是搞哪方面科研的，是不是军队下属部门？在里面还遇到过军人，你也看到了，那个很老的、穿军装的人。真奇怪，那老头看上去少说也有六七十岁，怎么还穿军装，难道是将军？”
“为什么这么眼熟”魏爷爷喃喃道。
郝运忽然想起，就又问：“我爷爷那时候带着玉佩在基地做过试验？你怎么知道？”
魏爷爷自言自语地说：“日记里写过”郝运让他继续往下讲，魏爷爷称基地中没有多少上锁的门，是基地的规定，所有军人宿舍的门都不能反锁，只有少数几个特殊房间是带锁的，所以他并不安全。后来还是被聂小倩发现，一个躲一个追，最后为了保命，魏爷爷只好闯进当年戒备最森严的“第三区域”，那是科研基地的禁区，除了少数几人之外，谁也没进去过。
聂小倩紧追不舍，魏爷爷走投无路跑进一个房间，没想到居然找不到门，里面黑漆漆的什么都没有，连自己的说话声都听不到。就这样，魏爷爷被困在这个无尽黑暗的空间中，手机电池耗尽，不知道白天还是黑夜，但凭生物钟来推断，至少也有几年。
最奇怪的是，在这漫长的过程中，魏爷爷既不饿也不渴，更没有大小便的意思，时间似乎停止在某个时刻，只不过身体和思维仍然在活动。这种滋味让魏爷爷很痛苦，蹲监狱起码还知道时间过去多久，但魏爷爷不知道外界是白天还是夜晚，不知道具体几点钟，就像一秒钟被拉长成几年。开始他徒劳地张嘴大叫，但什么都听不见，只能感受到声波与头骨的振动。他疯狂地奔跑，可除了脚下有平整而冰凉的地面之外，什么物体也遇不到。
魏爷爷不知道跑了多久，累了就躺下休息，醒来再继续跑，好像遇到了传说中的鬼打墙，怎么跑都没有尽头。他的精神渐渐崩溃，开始大叫大哭，就这样跑累了睡、睡足了跑，最后意志坍塌，就躺在地上，脑中只有一个念头：这是什么地方？渐渐地，魏爷爷绝望了，大脑开始一片空白，什么也不再想，希望能饿死或者渴死，好过如此折磨。但他并不饿也不渴，想累了就自然睡去，睡到自然醒，周而复始，魏爷爷感到自己已经变成行尸走肉，痴痴呆呆，甚至没有了思想。
忽然，魏爷爷看到远处有亮光，他心脏都快跳出来，连忙爬起身跑过去。他的眼睛在黑暗中太久，即使这么远远的一小点光亮也让他眼睛疼痛。无论怎么跑，那个亮光似乎始终跟自己保持相同的距离，既不变大也不变小，没更远也没拉近。但这是魏爷爷唯一的希望，他如同上紧发条的机器人，连觉也不睡，就是跑，直到跑得累瘫倒为止。
不知跑了多久，亮光开始渐渐变大，魏爷爷激动得很想哭，终于他跑到亮光近前，这是一扇门，光就是从外面照射进来的。这简直就是上帝之光，魏爷爷拖着疲惫的身体走出门，外面仍然是熟悉的“第三区域”。魏爷爷跪在地上，发泄似的大哭，大叫。聂小倩闻声寻到，于是就有了郝运看到的那一幕。
听完魏爷爷的讲述，郝运才明白为什么这老头对那座沙漠中的基地了如指掌，原来年轻的时候在那里工作过好几年。再仔细回忆，昨天下午他在基地里也找到“第三区域”，其中有扇门是开着的，里面黑洞洞什么也没有，连说话声都听不见，就没进，难道就是那个房间？
“我被关了几年，为什么不饿不渴？为什么一点也没变老？为什么”魏爷爷哆嗦着问郝运。
郝运哪里答得出来，笑着说：“没有几年！按你的描述来推算时间，最多也就是两三个小时而已。肯定是因为在屋里找不到房门，所以出现了幻觉，我知道有种病叫幽闭恐惧症。对了，你说我爷爷可能并没有失踪，为什么？”
“我明白了，”魏爷爷忽然从床上坐起身，抓住郝运的衣领大叫着，“就是他，那个就是他，就在那里，就是他，那个人就是他呀！”他越叫越响，紧紧揪住郝运的衣领用力摇晃。护士走进病房，连忙把郝运推开，埋怨他为什么惹患者这么激动。
郝运来到走廊的长椅中坐下，从衣领里拿出玉佩，用手轻轻抚摸，完好无损。又想起秦震，就拿出手机充了会儿电，拨通秦震的号码，还是关机，不知道他是否安全，跟艾丽的搏斗最后赢没赢？回想最近两天发生的这些事，总觉得不可思议，就像做梦一样。以前听爸爸提起爷爷，只说他那时候在乌鲁木齐地质局工作，是科学家，但现在才知道，居然还在沙漠中的基地里呆过几年。当年爷爷为什么要用玉佩在基地中做试验，什么样的试验，有什么用意？没看到日记之前，这些疑团郝运都无法得知。开了大半夜的车，他又饿又困，把头靠着墙壁，想着想着就沉沉睡去。
几天后，魏爷爷的情绪渐渐恢复，甚至能跟郝运正常交流，但护士怕出事，都在旁边守着，也可能是怕担责任。郝运只好低声问魏爷爷：“你昨天说看到谁？”
“我、我看到郝教授了”魏爷爷回答。
郝运异常惊讶：“你是说我、我爷爷？”